Pondok Pesantren Minhajul Haq diurus dan dikelola secara kolektif oleh beberapa Badan Pengurus yang terstruktur, sesuai dengan bidang tugasnya masing-masing. Badan-badan pengurus tersebut bekerja sesuai dengan prinsip-prinsip manajemen yang modern, efektif dan efisien tapi tetap berpijak pada bingkai visi dan misi dan landasan-landasan Pesantren Minhajul Haq.